Über die Erbauung und Person des Bauherrns der Burganlage ist nichts bekannt. Der Egerer Stadtarchivar Heinrich Gradl vermutet, das die Burg zwischen 1170 und 1222 durch Berchtoldus de Honberg erbaut wurde. Dieser Bertholdus, ein egerischer Ministeriale, erscheint erstmals 1222 als ritterlicher Zeuge in einer Waldsassener Verkaufsurkunde (ME 158). Hier übereignet Gothefridus de Valkenberc dem Kloster Waldsassen das Dorf Pleissen.

Burg Hohenberg war ein westlicher Außenposten des egerländischen Burgensystems um die Reichsburg Eger. Die adeligen Herren von Hohenberg besaßen umfangreichen Streubesitz. Der Ort bildete den Mittelpunkt einer territorialen Kleinherrschaft. Nachdem der letzte Hohenberger ohne männlichen Nachkommen blieb, überträgt König Rudolf am 2.April 1285 das Burglehen in Eger wie auch die Burg Wunsiedel an den Burggrafen Friedrich III. von Nürnberg, der diese vom letzten Hohenberger Kneussel käuflich erworben hat. Umfangreiche Geleitdienste auf den vorbeiführenden Handelswegen verschafften den Hohenbergern sowie den späteren Amtleuten ein gutes Einkommen. Hohenberg war seit 1389 das erste Amt der späteren sogenannten „Sechsämter“.

Bis 1415 war das gesamte, später als „Sechsämterland“  (so 1504) bezeichnete Gebiet, in burggräflichen Besitz. Hussitenhorden verbrannten 1430 ein Burggut im Ort und 1462 fackelte böhmisches Kriegsvolk einen Burgturm ab. Beim Besuch des Markgrafen Albrecht Alcibiades wurde 1549 dem Ort ein heute noch vorhandenes „Raths-Insigel gnedigst bewilliget und erteilt“. Ein Privilegienbrief bestätigte ältere Marktrechte. Insbesondere wurde das „Aigen Halß Gericht“ und „stehen auch daselbsten zu Recht“ betont. Der Rechtsbezirk wurde am Ort mit vier Steinsäulen abgegrenzt.

Die Kriesgsfurie des 30jährigen Krieges erreichte Hohenberg um 1632. Burg und Ort überstehen glimpflich die schreckliche Zeit. Die Pest jedoch hielt 1632 reiche Ernte, im letzten Quartal genannten Jahres starben über 200 Personen.

1776 erhält der Ort bis 1796 Preußische Besatzung, nachfolgend quartierte sich von 1806 bis 1819 französische Grenadiere auf Burg Hohenberg ein. 1810 kam das Fürstentum Bayreuth, und damit auch Hohenberg an Bayern.

Die schlimmste Zeit erlitt Hohenberg wohl am Ende des Zweiten Weltkriegs, als der Ort noch in den letzten Kriegstagen von amerikanischer Artillerie beschossen wurde. Ein sinnloser Verteidigungsbefahl führte zur Zerstörung eines Drittels des Häuserbestandes.